Pusat Kepatuhan, Kerjasama  dan Informasi Perkarantinaan telah menyusun beberapa Perjanjian Kerjasama dan Pedoman guna mendukung pelaksanaan tindakan karantina.

Nota Kesepahaman

1. Nota Kesepahaman Antara Direktorat Jenderal Bea dan Cukai dengan Badan Karantina Pertanian dan Badan Karantina Ikan, Pengendali Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan
2. MoU Kementerian Pertanian dan kementerian BUMN Tahun 2021
3. MoU Kementan dan Tentara Nasional Indonesia 2020

Perjanjian Kerjasama

1. Perjanjian Kerjasama Badan Karantina Pertanian dan Kepolisian Republik Indonesia
2. Perjanjian Kerjasama Badan Karantina Pertanian dan TNI Angkatan Laut
3. Perjanjian Kerjasama Badan Karantina Pertanian dan TNI Angkatan Darat
4. Perjanjian Kerjasama Antara Direktorat Jenderal Bea dan Cukai dengan Badan Karantina Pertanian dan Badan Karantina Ikan, Pengendali Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan
5. Perjanjian Kerjasama Antara Badan Karantina Pertanian dan Badan Intelijen Keamanan Kepolisian Negara Republik Indonesia tentang Sinergitas Pelaksanaan Tugas dan Fungsi Intelijen
6. Perjanjian Kerja Sama antara Badan Karantina Pertanian dan PT Pos Indonesia 2021
7. Perjanjian Kerja Sama antara Badan Karantina Pertanian dan Deputi Bidang Intelijen Ekonomi BIN 2022

Pedoman Kerja 

1. SOP PKS Badan Karantina Pertanian dan TNI Angkatan Laut
2. Pedoman Kerja PKS Badan Karantina Pertanian dan TNI Angkatan Darat
3. Pedoman Kerja Polsus Barantan
4. Pedoman Kerja Antara Badan Karantina Pertanian dengan Kepolisian Republik Indonesia 

Pedoman Pengawasan

1. Pedoman Pengawasan MP HPHK dan OPTK serta Keamanan Hayati yang Diperdagangkan secara Daring
2. Tata Cara Pengawasan Penyelenggaraan Kegiatan Operasional Karantina Hewan, Tumbuhan dan Keamanan Hayati
3. Pedoman Pengelolaan Barang Bukti Tindak Pidana Bidang Karantina Hewan, Tumbuhan dan Keamanan Hayati
4. Pedoman Tindakan Preventif Dalam Pengawasan dan Penindakan Perkarantinaan Hewan dan Tumbuhan serta Keamanan Hayati
5. Petunjuk Pelaksanaan (Juklak) dan Petunjuk Teknis (Juknis) Penyidikan Tindak Pidana di Bidang Karantina Hewan dan Tumbuhan

Kode Etik

1. Kode Etik PPNS, Intelijen dan Polsus Badan Karantina Pertanian